欧美、日本等国已将低聚果糖应用于乳酸菌饮料、固体饮料、糖果糕饼、饼干、面包、果冻、冷饮、汤料、谷物等多种食品中。低聚果糖的添加，不仅提高了食品的营养和保健价值，同时还能有效延长如冰淇淋、酸奶、果酱等多种食品的保质期。此外，低聚果糖热量低，不会引起也不会使，是理想的新型保健甜味剂，可作为食品基料在食品中应用，满足人、者和的需要。近年来，低聚果糖在婴幼儿食品中特别是乳制品中得到广泛应用，如婴幼儿乳粉、纯牛奶、调味乳、发酵乳、乳酸菌饮料、各种奶粉等。婴幼儿奶粉中添加适量的低聚果糖、菊粉、乳果糖等益生元可促进双歧杆菌或乳酸杆菌等在中的生长。低聚果糖作为生物活性益生元和水溶性膳食纤维应用于饮用水中，既能满足人体基本的生理功能和的需要，又能促进人体健康，其相辅相成，相得益彰。

热稳定性较蔗糖高，在中性条件下，120℃时还非常稳定；在酸性（pH 3）条件下，温度达到70℃以后，稳定性才降低。它在一般的食品pH范围（4.0-7.0）内非常稳定，可在冷藏温度下保存一年以上。

低聚果糖在150℃稳定，160℃开始分解。不产生美拉德变色反应。低聚果糖在中性或接近中性环境中具有相当好的热稳定性。在pH>5的环境中，加热到120℃，也比较稳定。但在pH<4的酸性环境中加热时温度超过90℃，低聚果糖将发生分解。因此在产制酸性双歧因子食品时，例如在酸奶中添加低聚果糖时，应在原有的高温工艺后添加，并在添加后只作巴氏消毒即可入库。